一、肠-肝循环增加
其发生的原因目前认为主要是因为与新生儿胆红素代谢的肠-肝循环增加有关，由母乳本身造成，推测主要原因有以下几种。
1.母乳中含有孕3α-20β二醇
母乳性黄疸患儿母亲母乳中含有孕3α-20β二醇，抑制了肝脏葡萄糖醛酸转移酶的活性。
2.母乳中不饱和脂肪酸含量高
母乳性黄疸患儿母亲母乳中不饱和游离脂肪酸的含量增高，对肝脏葡萄糖醛酸转移酶产生抑制。
3.母乳中β-葡萄糖醛酸苷酶的活性高
母乳中β-葡萄糖醛酸苷酶的活性大大高于牛奶及配方奶，使已结合的胆红素再分解，小肠重吸收增加，至肠-肝循环增加，β-葡萄糖醛酸苷酶在其中起主要作用。
二、肠道菌群
最近几年研究认为，母乳性黄疸是在多种因素作用下，由胆红素肠-肝循环增加所致，这种学说较为成熟，并得到验证，β-葡萄糖醛酸苷酶β- GD在发病机制中起主要作用。
1.新生儿肠道内β-GD丰富
肠道内β-GD主要来源为母乳新生儿自身也可产生，正常肠道菌群建立后也可产生，但产生较少，β- GD分解结合胆红素，还原为未结合胆红素，经小肠再吸收进入肠-肝循环，使血清未结合胆红素增多，引起黄疸。
2.肠内β-GD活性高
新生儿小肠中β-GD活性高，为成人的10倍。
3.胆红素排泄少
新生儿摄入不足，肠内蠕动减少或开奶延迟，肠道菌群建立晚，缺乏转化胆红素的菌群，可使结合胆红素排泄减少。
4.胆红素重吸收多
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